Das gesamte Verfahren gliedert sich in folgende Schritte:

1. Lösen Sie in einer 250 ml Schraubdeckelflasche 0,8 g Agarose in 2 ml TAE 50-fache Stammlösung plus 98 ml Wasser. Erhitzen Sie die Suspension, bis sie aufklart. Gießen Sie die Lösung in Ihre Agarosegelkammer und setzen Sie den Kamm zur Ausbildung der Probentaschen ein.
2. Lassen Sie die Agarose bei Raumtemperatur abkühlen: Das Gel wird grau-trübe. Gießen Sie einfach konzentrierten TAE-Puffer in die Gelkammer, bis das Agarosegel vollständig überdeckt ist. Ziehen Sie dann vorsichtig den Kamm aus dem Gel, damit die Probentaschen mit Elektrophoresepuffer gefüllt werden.
3. Mischen Sie Ihre DNA-Proben (z.B. 5 µl Plasmidlösung mit 1 µl Probenauftragepuffer) auf einem Stück Parafilm. Geben Sie von dieser Mischung 1 bzw. 5 µl in jeweils eine Probenauftragetasche. Notieren Sie auf einem Blatt die Reihenfolge Ihrer Proben und das jeweilige Volumen.
4. Wenn Sie alle Proben aufgetragen haben, schließen Sie die Spannungsquelle an. Legen Sie eine Spannung von bis zu 7 Vcm^-1 Elektrodenabstand an (bei 15 cm Elektrodenabstand also maximal 120 V). Das elektrische Feld wird erst abgestellt, wenn die dunkelblaue Bande des Bromphenolblaus fast das Ende des Agarosegels erreicht hat.
5. Stellen Sie die Spannungsquelle ab und trennen Sie die Elektroden von der Gelkammer.
6. Inkubieren Sie das Agarosegel für 5-15 min in der Ethidiumbromidlösung.

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Agarosegelelektrophorese