• Wenn es absehbar ist, dass Sie mehrere Agarosegele benötigen, so sollten Sie eine größere Menge Agarose in TAE-Puffer ansetzten. Sie können diese Lösung mehrere Wochen im Brutschrank bei 65°C bis zum Gebrauch flüssig halten.
• Qualitativ hochwertige Agarose ist teuer. Setzten Sie also nur so viel Agaroselösung an, wie Sie wirklich bei Ihren Experimenten benötigen werden.
• Nutzen Sie dünne Agarosegele. Sie sparen teure Agarose, die Trennung läuft schneller, die Banden werden "schärfer" und die müssen für die gleiche Nachweisempfindlichkeit weniger DNA-Menge auftragen.
• Tragen Sie immer einen passenden DNA-Längenstandard in die erste und letzte Spur Ihres Gels auf. Daran können Sie die Länge der aufgetrennten DNA referenzieren.
• Mischen Sie immer Ihre Proben mit einem konzentrierten Auftragepuffer. Dieser Puffer enthält einen oder zwei Farbstoffe: Bromphenolblau und eventuell Xylencyanol. Zusätzlich enthält er Glycerin, Saccharose oder Ficoll, um die Dichte Ihrer Proben zu erhöhen. Damit verhindern Sie ein Aufschwimmen der Probe beim Einfüllen in die Probentaschen.
• Tragen Sie in die flankierenden Spuren ihrer Proben immer einen DNA-Längenstandard auf. Daran können Sie die Längen der DNA in ihren Proben referenzieren.
• Plasmidgrößen werden immer im linearisierten Zustand angeben. "Supercoiled" (hochspiralisierte) Plasmide wandern wie kleinere linearisierte Fragmente.
• Der Auftragepuffer kann bei 4°C aufbewahrt werden. Für längere Lagerungen sollte er bei -20°C gelagert werden.
• Notieren Sie unbedingt die Reihenfolge Ihrer Proben und deren aufgetragenes Volumen!
• Färbungen: alle DNA-Nachweisreagenzien müssen eine Interaktion mit der DNA durchführen. Mit dieser Interaktion kann ein gesundheitliches Risiko verbunden sein! Vermeiden Sie daher jeden Hautkontakt und beachten Sie die spezifischen Gefahrstoffhinweise für den verwendeten Farbstoff. Tragen Sie Nitril- oder Latexhandschuhe.
• Führen Sie die Färbungen grundsätzlich an einem Arbeitsplatz durch, der ausschließlich für diesen Zweck reserviert wurde. Dieser Arbeitsplatz sollte kleinflächig und aufgeräumt sein. Kontrollieren Sie ihn regelmäßig auf Verunreinigungen mit den Farbstofflösungen.
• Ethidiumbromid kann wochenlang lichtgeschützt bei Raumtemperatur aufbewahrt werden.
• Sie können Gele bei Bedarf nachfärben, um die Intensität der Nukleinsäure-Banden zu verbessern.
• Beachten Sie den Strahlenschutz, wenn Sie einen UV-Transilluminator verwenden. UV-Transilluminatoren (302 oder 312 nm) werden für EtBr-gefärbte Agarosegele verwendet.
• SybrGreen / SybrSafe soll weniger giftig als Ethidiumbromid sein. Es ist nachweisstärker als Ethidiumbromid, liefert klarere Bilder, ist aber auch empfindlicher gegenüber Photooxidation. Da Sie jedoch mit langwelligem Anregungslicht arbeiten sind UV-Strahlenschäden an der DNA und eine Gefährdung des Experimentators geringer. Dieser Punkt kann von Bedeutung sein, wenn Sie auf dem Transilluminator DNA-Banden für eine Klonierung ausschneiden. Außerdem sind SbryGreen gefärbte Gele auf einem langwelligen Transilluminator wesentlich leichter mit einer normalen digitalen Kamera zu dokumentieren.
  

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Agarosegelelektrophorese